第二军医大学药学系创建于1949年，是全军培养药学专业高级人才的重要基地，其前身是国内开展药学教育最早的学校，有百年历史。目前，药学一级学科是国家重点学科。在新药研究方面，形成了明显的特色和优势，特别是在心脑血管疾病防治、抗真菌、抗肿瘤和军队特需药物研究领域处于国内领先地位，计算机辅助药物设计、生药鉴定、中药质量、生物制药等研究取得丰硕成果。近五年来，获得国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，牵头承担国家973计划项目1项，863计划项目10项，承担国家自然科学基金重点项目5项，国家杰出青年基金3项，国家科技支撑计划课题4项，国家“重大新药创制”科技重大专项55项，纵向课题经费总额达4亿多元，发表SCI论文700多篇，获国家新药证书5个，获专利授权103项，先后与十余个国家的高等院校和科研院所建立了长期的学术交流和科研协作关系。