第二军医大学基础部成立于1992年。学科分布涵盖基础医学、生物学、公共卫生与预防医学、特种医学、药学、生物医学工程、外国语言文学、计算机科学与技术等8个一级学科，其中基础医学为全国三个同学科重点之一。主要承担全校各个专业层次基础阶段教学、研究生培养和基础医学相关前沿领域科研工作。基础部教学、科研力量雄厚，拥有一支以两院院士领衔的师资队伍；拥有国家重点实验室、国家GLP实验室、国家生命科学与技术人才培养基地、WHO基因合成与表达中心、教育部、全军及上海市重点实验室等高水平研究平台；拥有现代化、系统配套的教学、科研设备，总值近2个亿；形成了以国家级教学团队、国家精品教材和全国百篇优博等为代表的一批教学成果，获得了以国家自然科学二等奖为代表的一批标志性科技成果奖项。目前在研的各级各类基金近200项，共计2.6亿元，先后在《Nature Immunology》、《Cancer Cell》等国际顶尖杂志上发表SCI论文800余篇，其中影响因子5分以上的论文190余篇。