基础医学院是医学校区最大的教学、科研部门，承担基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院等医学相关学院各专业的研究生、本科生、成人继续医学教育等各种层次、各种类型学生的全部医学基础课教学，是医学教育的重要基地和医学基础理论的研究中心，是一个多学科综合的教学、科研部门。
学院拥有甘肃省新药临床前研究重点实验室，下设17个教学科研基层组织，1个办公室，还拥有3个科学研究中心。基层组织分别是人体解剖学与组织胚胎学研究所、遗传学研究所、生理与心理学研究所、医学生物化学与分子生物学研究所、病原生物学研究所、免疫学研究所、病理解剖学研究所、病理生理学研究所、中西医结合研究所、药理学研究所、循证医学研究所、外科手术学研究所、新药设计与合成研究所、神经科学研究所、护理系以及基础医学实验教学中心、医学实验中心等；科学研究中心分别是循证医学研究中心、结核病研究中心、遗传学研究中心。
学院现有教职工206人，其中教学科研人员137人，实验技术人员52人，党政管理人员17人。教学科研人员中教授23人，副教授27人，讲师87人，共有博士35人，占教学科研人员总数的26%。其中，“教育部长江学者特聘教授”1人，“教育部长江学者讲席教授”1人，国家杰出青年科学基金获得者1人，“萃英讲席教授”7人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划” 2人， “跨世纪学科带头人”8人，“省级教学名师”1人，“甘肃省领军人才”第一层次2人、第二层次2人，甘肃省“333”、“555”人才工程第一、二层次人员10人，“省卫生厅中青年学科带头人”3人，甘肃省青年教师成才奖获得者7人，甘肃青年科技奖获得者3人。
学院现有二级学科博士点3个：中西医结合临床、遗传学、生物化学与分子生物学；省级重点一级学科1个：中西医结合；一级学科硕士点2个：基础医学、中西医结合；二级学科硕士点 10个：生理学、病理学与病理生理学、病原学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、中西医结合临床、免疫学、中西医结合基础、遗传学、药理学；本科专业5个：临床医学、麻醉学、医学影像学、医学检验、护理学。现有在读本科生1500余人，硕士研究生154人，博士研究生39人。省级重点实验室一个：甘肃省新药临床前研究重点实验室；省级实验室一个：甘肃省实验动物质量检测实验室；省级实验教学示范中心一个：基础医学实验教学中心。
学院目前主持国家重大科技专项1项，国家科技重大专项子项目2项；主持国家自然科学基金重点项目1项、面上项目4项、青年基金项目2项；主持863项目1项、973子项目1项，建立国际合作项目2项，卫生部研究课题2项，甘肃省各类科研项目29项，兰州大学青年交叉基金3项，兰州大学医学基金20项。学院近3年来申请国家发明专利23项，获专利授权12项；获国家自然科学奖二等奖1项，甘肃省自然科学一等奖1项，甘肃省科技进步奖二等奖3项；发表SCI论文近百篇。
学院建有科学研究开放平台，面向校内外开放。实验室面积12000多m2，大型、精密科研实验仪器200多台（件）、设备总价值4000万元。有分子生物学实验室、细胞生物学实验室、免疫学实验室、生物芯片实验室、PCR实验室、电镜室、细胞培养室、生物样品制备室、低温实验室、DNA序列分析室、流式细胞仪室、激光共聚焦显微镜室、核磁共振波谱仪室、显微图像分析室、毛细管电泳仪室、高效液相色谱仪室、原子吸收分光光度计室、血液生化检测室、实验动物质量检测中心等20多个功能实验室和仪器室。