学院设立控制理论与控制工程系、信息工程与自动化系。
学院拥有“控制理论与控制工程”国家211工程重点学科、国家985二期工程重点建设学科、控制理论与控制工程“十五”和“十一五”省重点建设学科、控制科学与工程博士后流动站、控制理论与控制工程工学博士学位授权点，控制科学与工程一级学科硕士学位授权（下设的“控制理论与控制工程”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程、导航制导与控制”五个二级学科全部具有工学硕士学位授权点）。在控制工程、软件工程和工业工程领域招收和培养工程硕士研究生。
学院拥有国家985工程科技创新平台多目标测控与高精度测控研究中心、自动化工程重庆市重点实验室（省级）、自动控制研究所、智能控制研究所、自动化仪表研究所、系统工程与导航制导研究所、海云天信息影像新技术研发中心、可穿戴式计算机研究所、机器人创新基地等研究机构。
学院每年招收“自动化”专业和“物流工程”专业的本科生。在校本科生1000余人、在校博士研究生近100人，在校硕士研究生300余人。学院每年为社会输送自动化专业技术人才300余人。近3年来为企业培养控制工程领域、工业工程、软件工程领域工程硕士研究生300余人。
学院具有良好的面向本科和研究生教学的教学实验基地以及科学研究硬件环境。拥有“自动化工程”重庆市重点实验室、国家电工电子教学实验基地、有国际一流水平的“重庆大学罗克韦尔自动化实验室”和“重庆大学西门子自动化技术实验室”，有国内一流水平的“自动控制原理实验室”、“重庆大学计算机控制基础教学实验中心”以及“过程控制实验室”。
学院现有教职工人员82人，教授12人（博士生导师7人），副教授31人，60%以上中青年教师具有博士学位或在读博士。获得教育部新世纪创新人才资助2人。学院聘请客座教授（中国工程院院士、国内外知名专家）和兼职教授30余人。
近年来，自动化学院承担国家863计划高科技项目、国家五年计划科技攻关项目、国家自然科学基金项目、省部级科技攻关重点项目科学研究和科技开发项目以及横向项目200余项，获国家、省部级科技奖励数十项。在国际国内重要学术刊物或学术会议上发表论文数百篇，科技专著10余部。并多次主办和协办国际学术会议和全国性学术会议，多项科研成果达到国际国内先进水平。经过二十多年的发展历程，学院科学研究与技术开发方面已形成自身的特色，在仿人智能控制理论及应用、人工智能与知识工程、控制理论与新型智能自动装置、复杂巨系统理论及应用、工业计算机层析成像技术、基于网络环境的自动化技术以及基础自动化技术、企业信息化、电子商务、电子政务等研究领域和方向上已成为西部地区控制科学与工程领域具有显著优势的重点学科。
重庆大学自动化学院遵循“立足重庆、服务西南、面向全国、走向世界”的办学思路，走具有自身特色的办学道路，自动化人以“坚韧不拔，锲而不舍，追求学科建设与发展”的精神迎接未来挑战，为国家培养高水平的自动化人才而忘我工作。