温州医学院药学院创办于2001年。同年9月开始招收药学专业本科学生；2004年招收中药专业本科学生；2008年开始招收制药工程专业本科学生；2012年开始招收临床药学专业本科学生。拥有生物治疗与生殖医学二级博士点、药学和中药学一级学科硕士点、中药学专业学位硕士点。我院是国际华人生长因子学会理事长单位，在成纤维细胞生长因子系列生物药物研发与机制研究方面具有显著优势。2003年成立温州医学院基础课（分析测试）实验教学示范中心，并在2007年被评为浙江省实验教学示范中心，2010年药学实验教学中心被评为浙江省实验教学示范中心。2005年建立国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地。2006年分别建立基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地、教育部生物反应器与药物开发工程研究中心中试实验室和浙江省浙南特色中药重点实验室；承担中国医药质量管理协会GAP工作委员会的工作；2007年成立浙江省生物技术制药工程重点实验室。2008年药理学与生化药学被列为浙江省“重中之重”学科，中药学学科被评为温州市重点学科。三年来，荣获国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、中华医学科技一等奖、教育部科技二等奖、浙江省科学技术一等奖、中国药学会科技一等奖和吴阶平医学研究奖-保罗杨森药学研究奖二等奖等重要科技奖励。
药学院设立药学系、中药学系、生物制药系、实验中心和执业药师培训与继续教育中心。现招收药学专业、中药学专业、制药工程、临床药学专业本科生，药学和中药学2个专业硕士研究生和药学专升本、药学自考生。
药学院教师89人，正高40人，副高20人，博士40人，硕士48人，博士生导师9人，硕士生导师42人。拥有国家高层次人才特殊支持计划教学名师1人、“长江学者”特聘教授1人、“国家千人计划”1人、教育部新世纪优秀人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国家教学指导委员会药学专业分委员会委员1人；浙江省教学名师2人、浙江省教坛新秀2人、“钱江学者”1人、浙江省特聘教授1人、浙江省教学指导委员会委员2人以及浙江省“千人计划”、浙江省“151”、温州市“551”各层次人选、省优秀博士后、中青年学科带头人和浙江省卫生高层次创新人才等20人。近几年我们大力引进高素质师资，重视青年教师培养，常年聘请国内外药学知名专家组成专家咨询委员会，精心培养在职教学和科研骨干教师,已初步形成一支结构合理、水平较高的人才队伍。
学院始终立足“以教学为本”,取得丰硕成果：2010年药学专业被评为国家特色专业2012年该专业被列为浙江省优势专业；1门课程被评为国家精品课程和国家精品资源共享课，4门课程被列为浙江省精品课程；浙江省教学成果一等奖1项、浙江省教学团队1个、浙江省创新团队1个；浙江省教学示范中心2个；浙江省重点实验室2个；浙江省高校重点建设教材4部。指导学生先后获得大学生“挑战杯”比赛国家一等奖、国家二等奖以及浙江省特等奖、一等奖等各项荣誉。
学院拥有核磁共振（600MHz）、液-质联用、气-质联用、高效液相色谱仪、气相色谱仪、中压制备色谱仪、紫外可见分光光度计等20多种大型的科研教学设备和各种科研教学仪器，总值3000多万。
学院目前已与美国路易斯威尔大学、美国哈佛大学、加拿大萨斯卡切温大学、美国杜克大学医学中心和中科院成都生物所和有机所等建立了教学、科研合作关系。近年来，承担了包括国家新药创制重大科技专项、 863计划项目、973计划项目、国家自然科学基金项目、国家“十一五”科技支撑计划、浙江省自然科学基金杰青团队项目等国家、省部级各类课题达72项；2012年国家自然科学基金立项数达18项，在全国药学院中名列前茅。在国内外专业刊物发表论文约400篇，其中被SCI收录240余篇，应邀在业界一流的CELL系列《Trends in Pharmacological Sciences》等期刊发表特邀综述；授权发明专利59项，出版教材、专著60余部；主持筹建了中华医学会新学组，连续举办了三届国际生长因子大会和中美糖尿病并发症研讨会、烧伤论坛等学术会议，获得了业界专家的高度评价。学院在生物药物研究、天然药物研究、创伤修复、临床药理、神经药理和分子毒理研究方面形成了稳定的研究方向。
学院实习教学体系建设日趋完善，建设了40余个各类实习基地，有附属医院与教学医院，江苏恒瑞医药股份有限公司、扬子江药业集团公司、浙江医药股份有限公司、新昌制药厂等国内知名药企，药检药监机构等。在天然药物资源丰富的泰顺乌岩岭国家自然保护区、温州龙湾潭国家森林公园等6个区域成立了野外见习基地。注意通过学科与科研优势与实习基地进行捆绑，将实习基地变为学科建设基地、学生培养基地、学生就业基地。与省内外各大医院建立了良好的合作关系，在医院中建设了重中之重学科建设基地和临床药学教研室，为学生的实训与就业提供了良好的平台。
我院高度重视产学研结合，形成了鲜明的学科特色，创建了国内首个由高校主导的、通过国家认证的中药材GAP基地，创建了浙江格鲁斯特生物科技有限公司、安德森生物科技有限公司、温医实训大药房等产业实体和实训平台，为学生的培养和发展提供了良好的平台和硬件条件。
随着国家医药分开，临床药物行业执业药师准入制等有关政策、法规的实施，为药学院提供了广阔的发展空间，药学及其相关人才的紧缺为毕业生提供了良好的就业前景。