外国语学院的前身是基础课部外语教研室，1993年成立外语系，1996年归入人文学院，分设英语系、日语系。2001年12月成立外国语学院。2000年获准建立日语硕士点，并于2002年开始招生；2003年获准建立英语硕士点，并于2004年开始招生。

外国语学院是南京农业大学最年轻的学院之一，但在全国农业院校中是最早创办英语和日语专业、最早获准建立日语语言文学和英语语言文学硕士点并招收硕士研究生的学院，是江苏省高校外语教学研究会常务理事单位、全国农业外语教学研究会副会长单位、全国农科研究生英语教学研究会理事长单位、江苏省日语教学研究会会长单位、中国日语教学研究会常务理事单位。

学院下设三个系——英语系、日语系和公外教学部（分公外一系、公外二系、公外三系），两个研究所——英语语言文化研究所、日本语言文化研究所，一个研究中心——中外语言比较中心，一个省级外语教学实验中心和英语培训中心、日语培训中心。

外国语学院全院现有87人，其中专任教师74人，研究生以上学历60人，其中具有博士学位8人，教授6人，副教授21人，研究生以上学历人数占全院68.96%。

学院除承担英语系和日语系本科生和研究生的专业课程以外，还承担全校大学外语和硕士、博士公共外语教学。我院本科教学不断创新，改革教学内容，改进教学方法，完善教学体系，取得了课程建设的显著成绩。日语语言文学专业是校级特色专业和校级重点学科，“大学英语”和“日语泛读”是校级精品课程，“英语语法” 2006年被列入校级重点课程。“大学英语” 2004年被评为省级一类优秀课程。

科研工作也取得了在同类重点大学中比较突出的研究成果。近五年来，出版学术专著、教材和工具书等40余本；发表学术论文近300篇，在外语类权威刊物《外语教学与研究》发表的文章数量为全国农业院校第一。近五年来承担各类课题40多项。

在学校领导和兄弟学院的关心、支持下，通过全院职工群策群力、辛勤耕耘、不懈努力、艰苦创业，学院的各项工作都取得了长足进展，一个和谐的学院氛围已经形成，各项工作都在有序推进。