医学院坐落于南开大学历史最悠久的建筑——思源堂内，1988年开始筹备，1989年试办招生，1993年10月经原国家教委批准正式成立。经过二十多年的办学实践，逐渐形成了综合大学医学教育的优势与特色。学院旨在培养医德高尚，人文和自然科学基础知识宽厚、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，具有终生自我充实能力的高级医学专门人才。
近年来，学院以“公”、“能”素质教育为导向，积极组织丰富多彩的学生活动，活跃第二课堂，提升学生综合素质。一年一度的医学院开放日、医学文化节、公能实践月等文化活动在校园逐渐形成品牌。学生组织除学生会、研究生会、青年志愿者协会、“自主”党校、团校外，还先后成立了允公社、灵舞团、“五月铃兰”关爱自闭症协会等，学生社团活动蓬勃发展，为学生的健康成长成才创造了良好的条件和氛围。在社会实践方面，学院在多家社会单位建立了社会实践与志愿服务基地，医学院学生经常走进社区，开展医疗健康知识宣传、义诊咨询、支教、红色寻访、关爱自闭症儿童等各类志愿服务活动，2012年三下乡暑期实践团队被评为天津市优秀团队。每年坚持评选南开大学“十佳医学生”，充分发挥榜样的示范引领作用，此外，学院还涌现出2011中国大学生年度人物提名奖、感动校园——天津市大学生年度人物、南开大学青年五四奖章获得者、南开十杰等优秀学生典型。
医学院拥有一支结构合理、锐意创新的专职基础医学教师队伍，现有专职在岗教师48人，其中“长江学者”特聘教授（“973”首席）1人，学校特聘教授5人，博士生导师9人，副教授19人，讲师16人，28人具有在国外学习和研究背景。在联合办学单位聘用专任临床教学教师133人，其中院士5人，博士生导师78人，教授125人，副教授8人，具有博士、硕士学位的教师103人。现任院长是“长江学者”特聘教授（“973”首席）、免疫学专家、博士生导师向荣。
借助于南开大学自然科学和人文社会科学的整体优势，医学院具有得天独厚的教学优势，学校的生命科学学院、化学科学学院、物理科学学院、数学学院、信息技术科学学院、文学院、外国语学院以及相关的文理学院等为医学院学生提供了丰富的教学基础；同时也为医学院学生创造了难得的多学科共享学术氛围。学院基础医学教学条件优良，拥有现代化的多媒体教室和医学实验教学中心，五个基础医学教学综合试验室总面积860平方米，各类实验仪器设备千余台，总价值2000万多元，充分满足基础医学14门课程的实验教学之需。南开大学丰富的藏书和便捷的网络设施为同学们拓宽视野提供了充足的资料和信息。
学院本着提高标准、严格要求、把握医学前沿动态组织教学的原则，贯彻拓宽基础、加强实践的办学方针，始终坚持教学与科研并重。临床医学专业被批准为天津市普通高等学校品牌专业建设点；学院的多门基础医学课程被评为南开大学精品课程和精品示范课程；研究生招生规模不断扩大；科研项目上也取得了引人瞩目的成就，基础医学专业进入“211”工程重点建设学科，“天津市模式动物与退行性神经系统疾病重点实验室”落户医学院。近五年来各类在研、科研项目共计230余项，其中包括国家自然科学基金、“863”项目、“973”项目70余项，天津市自然科学基金50余项，国内外合作60余项，教育部回国留学人员基金及高校科研专项经费33项，以及多项横向合作科研项目，总计科研经费4800万元，在国内外著名学术期刊上发表学术论文500余篇，其中SCI收录180余篇。
随着学院的快速发展，参与国内外学术交流活动日渐频繁，学院先后与美国、英国等国家和地区的多所大学和科研机构建立了长期的合作关系，每年都邀请国内外知名医学院士、专家、学者来院讲学。近年来，学院多次承办中国工程院2012医学科学前沿暨第五届分子靶向药物研究与细胞治疗应用研讨会、孤独症国际学术论坛等学术会议，学院每年有百余人次参加国内外重要学术会议、出国访问或进修。
临床医学专业
临床医学专业旨在培养医德高尚、人文和自然科学基础广泛、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，特别是具有终生自我充实能力的高级医学专门人才。本专业为学制七年本硕连读专业，学生在第六、七两年享受研究生待遇，完成学业并经审查合格者准予本科和研究生毕业，同时授予医学学士学位和硕士学位。自2009年起学院在该专业学生中挑选出最优秀的学生组成“本、硕、博”贯通的八年制临床医学专业试点班，旨在培养医学精英人才。
该专业主要课程有：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、医学微生物学、医学免疫学、人体寄生虫学、医学分子遗传学、病理学、病理生理学、药理学、诊断学、医学影像学、核医学、中医学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、皮肤病学、传染病学、神经病学、精神病学、眼科学、耳鼻喉科学、血液学、医学统计学、医学心理学、法医学等。毕业生能够从事医疗、科研、教学等方面的工作。
临床医学专业目前已招收学生24届935名，毕业生17届437名。毕业生中少部分到国内外著名大学进一步研修，其余毕业生遍布各三甲医院，如北京301医院、北京协和医院、北京同仁医院、北京阜外心血管病医院、北京积水潭医院、上海华山医院、天津市肿瘤医院、天津医科大学总医院、天津市第一中心医院、天津市人民医院、天津市第三中心医院、天津市眼科医院、天津市中心妇产医院、天津市胸科医院等，医学院毕业生以其基础知识扎实、专业技能熟练备受用人单位好评，具有良好的社会声誉。2012年该专业读博深造41.8%，工作 56.3%，大部分毕业生进入京津地区的知名三甲医院工作。
口腔医学专业
口腔医学专业旨在培养全面发展的、从事口腔科医疗和保健工作的通科医师。学生应掌握基础医学、临床医学和口腔医学的基本理论和医疗技能，毕业后能够从事口腔颌面部疾病的医疗和保健工作。口腔医学专业本科学制五年，毕业后可授予医学学士学位。
该专业主要课程有：有机及无机化学、人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、医学免疫学、医学分子遗传学、病理学、病理生理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、口腔解剖生理学、口腔组织病理学、口腔医学微生物学、口腔药物学、口腔颌面影像诊断学、口腔内科学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学等。