硬件设施
·研究楼 (本馆)
1993年建，1260平方米，内有办公室、研究生教室、会议室、学术交流室、会客室及37间个人研究室，研究室配有电脑和直拨电话，楼内可收看日本卫星电视。
·研究楼 (分馆)
2001年建，757平方米，内有资料室(开架阅览)、书库(可藏书3万册)、高级客员研究室、贵宾接待室、"翔宇厅"同声传译国际会议室(可容纳80余人，可同时翻译三种不同语言)。
历任领导
日本研究院院长 宋志勇（2012.11—）
日本研究院院长 李 卓（2007.3—2012.11）
副院长 宋志勇
日本研究院领导(2003.4-2007.3)
院长 杨栋梁
副院长 宋志勇
第四届理事会 (1999.5－)
理事长 俞辛焞
副理事长 薛敬孝 米庆余 王家骅
主 任 杨栋梁
秘书长 王振锁
第三届理事会 (1996.7－1999.5)
理事长 俞辛焞
主 任 杨栋梁
第二届理事会 (1993.6－1996.7)
理事长 俞辛焞(95.6－96.7由王家骅代理)
主 任 俞辛焞(95.6－96.7由王家骅代理)
秘书长 王振锁
第一届理事会 (1988.4－1993.6)
理事长 俞辛焞
主 任 俞辛焞
副主任 薛敬孝 姜春明 卢庚良
历史沿革
2012年11月 宋志勇教授担任南开大学日本研究院院长
2007年3月 李卓教授担任南开大学日本研究院院长
2007年3月 杨栋梁院长卸任，转任南开大学世界近现代史研究中心主任
2003年4月 南开大学日本研究院正式宣告成立。
2000年3月 日本研究中心成为系所级实体单位，行政挂靠文学院。主任为中心负责人，理事会为中心咨询机构。
1999年5月 日本研究中心第五届理事会成立
1996年7月 日本研究中心第四届理事会成立
1994年6月 日本研究中心研究楼落成典礼
1993年6月 日本研究中心第二届理事会成立
1988年5月 召开日本研究中心成立大会
1988年4月 俞辛淳教授等发起筹建日本研究中心，第一届中心理事会成立。
1985年 历史系招收首批日本研究方向博士研究生
1980年 历史系、经济系招收首批日本研究方向硕士研究生
1975年 经济研究所日本经济研究室成立
1972年 外文系日本语言文学教研室成立
1964年 历史系日本史研究室成立