系统工程学科是系统科学、控制科学、计算机科学、数学、经济学等多门学科相互渗透而形成的交叉学科。我院系统工程硕士学科点是1986年经国务院学位委员会批准成立的，是一级学科“控制科学与工程”下设的二级学科。该学科主要为国民经济各相关领域培养懂经济管理，具有多方面能力的高级专门人才。主要研究方向包括：(1)交通运输系统工程：研究运用系统工程理论与方法解决交通运输领域的有关问题，具体包括交通流的预测及其优化与分配，综合运输网规划，交通运输通道理论，综合交通枢纽的规划与协调，城市综合交通体系及部门交通规划的理论、方法研究及其应用。 (2)管理系统工程：研究运用系统工程理论与方法解决微观系统的有关问题，且以具体企业为应用重点，主要涉及企业的宏观管理与决策研究，企业的发展战略、经营策略研究，以及企业的系统管理、环境管理、风险管理及项目策划等。 (3)宏观管理与决策：研究运用系统工程理论与方法研究解决宏观及中观系统的有关问题，面向社会，重点从事行业、区域、部门等宏观及中观系统的发展战略、战略规划、开发策略及政策分析与研究等。 (4)自动化系统工程：主要研究以交通运输为特色的自动化系统工程，包括运输生产过程的自动化、车辆运行管理自动化、车站管理自动化（含微机联锁等）以及其他相关部门及企业的自动化系统工程的研究开发及工程实践。(5)信息系统工程：主要研究信息化和信息系统工程的理论方法和有关应用问题 ，以现代电子技术为基础，进行信息系统发展战略与规划、信息资源开发与共享、信息人才资源的开发、信息系统市场化、产业化等相关领域的研究，推动国民经济和信息技术的发展与进步。 (6)智能交通系统（ITS）：主要研究ITS的框架体系与发展规划、城市交通的智能化管理与设计、客货运智能化管理与设计、ITS工程的规划及设计、道路交通的智能化监控系统，以及其他与ITS相关的研究领域。。