中国科学院南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。

我所现有在编职工286人，其中专业技术人员247人。包括中科院院士2人，研究员47人，副高级研究人员69人。国家杰出青年基金获得者6人，“百人计划”及“引进国外杰出人才”入选者10人，国家“百千万人才工程”7人，国家自然科学基金委委员会和中国科学院国际合作伙伴计划团队各1个。