云南大学农学院始建于1938年，是云南大学创建最早的学院之一，具有悠久的办学历史和雄厚的学科积累。1953年因全国校院调整，云南大学农学院部分专业和师资划入西南农学院、云南农业大学、西南林业大学和四川大学等高等院校，部分归并进入云南大学生物系。

进入本世纪来，云南大学根据学科建设需要，结合服务云南社会经济发展对农业人才和科技支撑的迫切需求，提出"巩固文理、完善管理、发展工学、拓展医农"的学科建设思路，于2011年恢复重建农学院，并将农学院确定为云南大学十二五期间云南大学重点建设学院。

云南大学农学院恢复重建以来，遵从国家农业区域发展战略布局，按照云南建设高原特色农业的规划要求，依托云南大学生命科学的学科优势，借助中央对西部高校提供的多个建设项目支持，在不到一年的时间内，与在昆明的多所科研院所、大型花卉园艺企业合作创办多个园艺实验实现基地，建设了一个博士学位授权点、两个硕士学位授权点，实现了融合跨越发展，成为云南大学充满生机、活力与希望的新兴学院。