西南大学药学院成立于2006年4月30日，是西南大学组建后以原西南农业大学动物科技学院药学专业、基础科技学院化工与制药专业和西南师范大学生命科学学院制药工程专业为基础的新建学院。学院师资结构合理、充满活力。现有教职员工67名, 其中教授、特聘教授、研究员和教授级高级工程师共18名（其中二级教授1名、三级教授2名）, 副教授、特聘副教授、高级工程师和高级实验师19名,讲师、助理研究员、工程师和实验师26名。其中51名教职工有硕士学位、31名具有博士学位,另有7名在职攻读博士学位、1名在职攻读硕士学位。19名教职工有海外留学经历。有国家杰出青年基金获得者和新世纪百千万国家级人才工程一层次人选1名, 教育部新世纪人才3名, 4人享受国务院特殊津贴；1人为教育部科技委学部委员；1人为国家新药中药评审专家；1人为国家重大新药创制会评专家；4人为重庆学术技术带头人。此外, 还聘请了中国科学院孙汉董院士、英国The University of Sheffield 陈蓓宁教授、美国University of Georgia傅振芳教授为我院客座教授, 聘请了中国科学院张玉奎院士、中国药科大学姚文兵教授、复旦大学陆伟跃教授、清华大学林金明教授等10余名国内外著名教授和制药工程师为本院兼职教授。根据武书连教授的统计数据，我院“十一五”末期教师人均科研得分在全校30个学院中列第8位、人均科研效率第10位、人均效率第12位。学院的人才培养始于1993年的药学专科。本科人才培养从1995年开始, 是国家首批批准培养“生物制药”专业人才的5个单位之一。1997年创办药学本科专业、2001年创办化工制药本科专业。现设有药学和制药工程2个本科专业, 分别授理学和工学学士学位，在药学、中药学、药品营销、化工制药和生物制药等5个方向进行培养。现有在校本科学生713名。研究生培养始于1994年。2000年开始培养生物药物分析方向科学硕士和博士研究生，2003年获得《药用资源化学》博士和《微生物与生化药学》科学硕士授予权, 2005年获得《药物分析学》科学硕士授予权, 2010年获准培养《制药工程》领域专业硕士，2011年获得《中药学》一级学科科学硕士授予权。现有博士科学学位导师3名, 硕士科学学位导师31名、硕士专业学位导师27名。全日制在校科学博士生11名、科学硕士研究生157名。根据学校研究生部统计，我院2011年研究生人均科研成果排名在全校39个培养单位中列第8位。
学院现有化学药学、生物药学、中药学、药理学、药物制剂、药物分析学和制药工程7个教研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室, 与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。学院建筑面积8000多平方米, 有包括LC-MS-MS液质联用仪、高效液相色谱仪、傅里叶变换红外光谱仪、热分析仪和激光粒度仪等价值3000多万元的教学和科研仪器设备。建有重庆市药学实验教学示范中心、国家重大新药创制创新药物质量控制平台、重庆市现代中药生产力促进中心、重庆市药效评价工程技术中心、重庆市兽药工程技术研究中心。已建成了由实验动物洁净房、新药评价和分析测试中心组成的新药研发中心。设立了现代生物医药研究所、药用资源化学研究所、中药研究所和国际中兽医医药研究所。在重庆华邦制药股份有限公司、重庆科瑞制药有限责任公司和重庆华森制药有限公司等20余家制药企业建立了研究生培养工作站和本科生实习实训基地。
学院现正承担国家重大基础研究计划、国家“重大新药创制”科技重大专项、国家自然科学基金重大研究计划、重点、面上及青年基金项目、重庆市重大科技专项、重点及面上项目、国家大学生创新性实验计划等各类教学和科研项目120余项, 在研经费2500多万元。在药用植物资源、药用动物资源、药用微生物资源、药物制剂、生物医药分析方面有研究特色, 是重庆市黄连和金银花研究中心, 是重庆市中药产业创新战略联盟常务副理事长单位。近5年来, 来自于海内外的广大教师已获省部级奖5项, 国家发明专利授权13项, 在Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)、中国科学等学术刊物上发表论文400多篇。
为加快人才引进，西南大学制定了依据中央“千人计划”人选、教育部“长江学者”特聘教授和讲座教授、重庆市“两江学者”特聘教授、重庆市“百人计划”特聘教授和重庆市“巴渝学者”特聘教授的“西南大学高端人才招聘计划”实施细则，并启动了包括“杰出人才延揽计划”、“优秀人才汇聚计划” 、“后备人才储备计划”、“学术团队引进计划”和“海外人才柔性引进方案”的“聚贤工程”。根据学校的人才引进战略, 学院努力实施高端人才引进，诚纳天下贤士、力争在“十二五”期间建设成2-3个省部级教学和科学研究团队，努力造就一支面向现代化、面向世界、面向未来、坚持基础药学研究与应用开发并重的一流师资队伍。