学院起源于1914年成立的私立华西协合大学医科，是中国西部最早的，由美、英、加等国教会按西方高等教育模式建立的医学院，毕业生授华西协合大学医学博士和美国纽约州立大学医学博士学位。新中国成立后，学院先后更名华西大学医学院，四川医学院医疗系，华西医科大学第一临床医学院；2000年四川大学与华西医科大学合并，定名四川大学华西临床医学院/华西医院。
从1993年开始，华西临床医学院与华西医院实行院院合一的管理模式，教学管理方面主要有教务部、学生工作部、毕业后教育部三个职能部门。设临床医学、护理学、检验医学、医学技术、康复医学共5个本科专业（系）；设内、外、妇、儿等19个教研室。建院以来，学院形成了“严谨、勤奋”的教风和学风；坚持医学教育是“精英教育、精致教育、精品教育”的思想；重视学生临床能力和综合素质的培养；在临床教学中开展了一系列改革，为国家培养了大批的医学专门人才。
学院设有临床医学博士后流动站，是临床医学和中西医临床医学2个国家一级学科博士学位授权单位；现有博士学位授权点31个，硕士学位授权点覆盖所有学科及亚专业。有教育部高校重点学科9个，“211工程”重点学科2个，省级重点学科16个，新兴交叉学科2个。病理学、诊断学、护理学基础、循证医学是国家级精品课程。病理学、诊断学、护理学基础、精神病与精神卫生学、循证医学、内科学、神经病学是省级精品课程。有临床教学实习床位4856张（含华西妇儿医院），教学相关开放实验室20多个。
学院有科学院院士1人， “长江学者”5人，“国家级教学名师”2人，国家自然科学基金杰出青年人才11人，博士导师125名，硕士导师264名，在职高级职称的师资550多人；教学师资中，有博士近300人。2004年9月，被教育部批准成为全国试办医学八年制的学院之一，每年招生100人。
1990年以来，学院率先在国内开展一系列临床医学教育教学改革，如：标准化病人（SP）应用于临床教学与考试；客观结构化临床考试；创建新型课程临床医学导论；临床医学后期临床选修课改革；循证医学引入临床医学教育；医学教育国际标准的研究和实践；医学技术方向人才的培养；临床教学质量评估体系和标准建立；以问题为基础的学习（PBL）和系统整合临床课程等。
长期以来，学院主编、参编、出版了大量的全国规划教材和学术专著。2002年以来获得国家级优秀教材奖9次；主编“国家十一五规划教材”19本。1990年以来，获国家级教学成果一等奖2项、二等奖2项，省级一、二等奖10项。
学院以“临医之风”校园科技文化活动为载体，加强学生综合素质培养，形成了独具特色、系统规范的医学生素质教育模式。使学生综合素质得到显著提升，在“挑战杯”创业计划大赛、全国英语竞赛、全国高校辩论赛、模拟联合国等全国性大学素质教育竞赛活动中多次获得国家级奖励。在中国医学界创下了华西医学生综合素质好、动手能力强、朴实能干的美誉。
九十载的风雨洗练，历代华西人的辛勤耕耘，学院现已成为中国西部地区医学教育中心，在全国医学教育改革和与国际接轨方面走在了全国的前列。华西人将秉承“精英教育、精致教育、精品教育”的教育思想，坚持“以人为本、崇尚学术、追求卓越”的办学理念，齐心协力把华西建设成为国内一流、国际知名的医学院！
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