数学系坐落在校内风景秀丽的东湖畔，1952年华南工学院建校之初成立了数学教研室， 1958年建立工程数学系并开始招生；1960年力学教研组并入，改名为数理力学系，设应用数学、计算数学、应用力学三个本科专业。77年恢复高考并招收77、78级数学师资班（著名数学家侯一钊是其中的杰出代表），数学力学和工程力学两个专业同时招生，在基础上于1979年成立数学力学系；1981年获得基础数学硕士学位授权点；1987年分别成立了应用数学系和工程力学系；2002年，应用数学系、应用物理系、应用化学系合并为理学院；随着办学规模的扩大，2004年7月，在理学院应用数学系的基础上成立了数学科学学院。　　

学院下设三个系、一个部、一个中心和一个研究所，即：数学与应用数学系、信息与计算科学系、统计与金融数学系；大学数学部；非线性科学研究中心；统计科学研究所。拥有国家工科数学基础课程教学基地、教育部定点的试题库制作中心及全国计算机等级考试广东省中心考点。　　现有三个本科专业：数学与应用数学、信息与计算科学、信息管理与信息系统，其中“数学与应用数学”和“信息管理与信息系统”是广东省名牌专业。学院现有“应用数学”博士学位授权点和“数学”一级学科硕士学位授权点。学院拥有实力雄厚、结构合理的师资队伍，现有教职工89人，专任教师77人，其中双聘院士1人，特聘教授1人，博士生导师5人；教授16人，副教授26人，讲师25人，高级工程师2人；具有博士学位的教师32人，占教师总数的42%。现有全日制在校本科生783人，硕士研究生157人。　　

近三年主持承担国家自然科学基金项目11项；广东省自然科学基金项目10项（其中博士启动项目6项）；科研经费达508.78万元，年均169.59万元。近五年共发表论文 334篇，其中三大索引收录的论文114篇，国外重要学术刊物发表43篇。　　

经过多年的发展，特别是“985工程”建设，学院的办学条件有了很大的改善。学院拥有学生机房4个，拥有研究生导师工作室、青年教师工作室、研究类工作室、中心工作室、工科数学基地办公室、多媒体学术交流室、研究生工作室若干，共计1000多平方米。学院现有计算机564台，交换机19台，服务器7台，软件1套。开通了WEB、FTPT和数据库服务器，为教师科研提供了资源共享的平台。学院拥有105M2的图书资料室，共有图书6667册，英文黄皮书1838册；期刊88种,包括44种纯数学类期刊。丰富的藏书和网络资源极大地满足了师生的科研需求。