亚太研究院由国际关系学系、东南亚研究所、韩国研究所、美国研究中心、台湾研究所、港澳研究所组成。此外亚太研究院还有两个建制独立的机构，即学位学科评议组和教师职务聘任委员会。根据需要，今后还可能建立新的相关机构，中大国际关系学系从政治与公共事务管理学院（政务学院）划入亚太研究院，而同时历史系的数名教授出任研究院负责人。因此，亚太研究院在学科上和政务学院、在行政上和历史系的关系非常密切。
亚太研究院设有本科、硕士研究生和博士研究生专业。具体专业分布为：本科专业：国际政治；硕士专业：国际关系、国际政治、世界史、专门史（国际关系史）；博士专业：世界史、专门史（国际关系史）。
中山大学成立亚太研究院，是出于国家发展的需要和学科发展的需要。亚太研究院对四大问题加以重视：一是人才培养，是特别本科生教育；二是队伍建设，锻造区域和国别科研队伍；三是学科建设；四是开展科学研究。在未来，亚太研究院主要有三大任务：一是对亚太地区的国际政治和国际关系开展科学研究；二是在亚太区域内进行国别研究；三是培养国际关系领域的专业人才。