厦门大学台湾研究院前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是全国最早成立的台湾研究学术机构，系教育部与福建省共建单位。下设政治、经济、历史、文学、两岸关系5个研究所和院办公室、文献信息中心、《台湾研究集刊》编委会。2004年2月19日经厦门大学批准，厦门大学台湾研究所改制为厦门大学台湾研究院。　

在厦门大学台湾研究所的基础上， 吸收本校七个系、所和校外八个院、所的学术骨干，重新组建的与国台办共建的国家级重点研究基地。拥有专职研究人员15名，兼职研究人员15名，其中教授21名，副教授9名， 形成以中青年学术骨干为主的结构合理的学术梯队。现有经济学科、法学学科、历史学科的6个博士点和政治学科、管理学科、文学学科等7个硕士点，组成多学科的研究方向， 能承担中央和国务院台湾事务办公室交给的各项重要的研究课题，完成教育部下达的重大科研项目，产出重大的研究成果，培养出高素质的一流人才，能为各级政府和社会各界提供咨询服务和成为全国高校的学术交流和资料信息基地。 　　

台湾研究中心坐落在厦门大学美丽的校园内，拥有独立的6层研究大楼一座，总面积 1700平方米，内设30间研究室和图书、报纸、期刊、计算机信息四个资料库每位研究人员均配备了计算机，并建立了局域网、国际互联网台湾研究网、台湾研究数据库及全文检索系统。资料室收藏台湾出版图书1万7千多册、台湾及外文期刊230多种、资料合订本1万3千多册， 是高校中最好的台湾研究资料中心。《台湾研究集刊》是高校系统内唯一向海内外公开发行的台湾研究学术刊物。