学院设有数学与应用数学系、信息与计算数学系、概率与数理统计系和省重点实验室“数学建模与高性能科学计算实验室”、数学研究所、精算学研究中心、计算与应用数学中心、计算科学实验中心、数学建模创新实验室，主办《数学研究》学术期刊。现有数学与应用数学、信息与计算科学本科专业，数学和统计学一级博士学位授予权和数学、统计学博士后流动站，涵盖基础数学、计算数学、概率和数理统计、应用数学和运筹学五个二级学科博士点和硕士点，其中基础数学为国家二级重点学科，基础数学、应用数学、计算数学为省级重点学科。国家“理科基础科学研究和教学人才培养基地”，入选国家“基础学科拔尖学生培养实验计划”。 “数学与应用数学”是国家一类特色专业，“信息与计算科学”为福建省特色专业。《高等代数》、《数学建模》为国家精品课程。
学院现有专任教师83人，其中博士生导师24人(兼职博导8人)，高级职称人数占教师总数的69%，具有博士学位教师的 74人,占教师总数的89%。其中国家“千人计划”、“长江学者”讲座教授、国务院学科评议组成员、国家“特支计划”教学名师、国家教学名师各1人，教育部跨（新）世纪人才计划入选者4人，教育部高等学校优秀骨干教师1人，福建省教学名师3人，“闽江学者”特聘教授5人，厦门大学“陈景润”数学特聘教授3人，厦门市“拔尖人才”2人。现有在读博士生74人，硕士生112人，本科生504人。院友捐资设立了“白坤水论文奖”、“郭金顶、郭庄丽华奖学金”、“厉则治奖学金”等，奖励优秀师生。
学院学科方向齐全，既有历史悠久影响深远的经典研究方向，又有近十多年来发展起来的新学科方向。数论研究历史悠久，曾培养出柯召院士、陈景润院士等杰出数论学家；以辜联昆先生为代表的微分方程，曾是我国早期的重要研究基地，目前有赵俊宁教授、谭忠教授等研究队伍，是富有影响的特色方向；以钟同德先生为代表的多复变函数论是华罗庚先生开创的我国早期的三个多复变重要基地之一，现在以邱春晖教授等人的积分表示理论、奇异积分理论和FINSLER几何而见长；以方德植先生为代表的微分几何，曾经是我国三个重要的微分几何基地之一；我国第一代泛函分析学家李文清先生、张鸣镛先生为代表的泛函分析，现在以程立新教授等人的空间理论、凸分析、非线性泛函分析为鲜明特色；历史上以厉则治先生为代表的概率论，现在拥有以李效虎教授、刘继春教授、王海滨教授等人的数理统计、随机过程和概率论完整齐全的学科。
新的研究方向发展迅速：以谭绍滨教授、林亚南教授的表示论为特色的代数学；以张福基教授为代表的组合图论；以国家“千人计划”入选者沈捷教授和许传炬、邱建贤、卢琳璋、曾晓明、白正简教授的计算数学群体，在计算流体、数值代数、计算几何等研究卓有成效；以“长江讲座教授”关波为代表的几何分析；以双聘教授林小东、Grace Yang为代表的精算学；以及在调和分析、无穷维动力系统、逼近论、小波分析、控制论与最优化理论等，一大批青年教师正在迅速成长。
近几年，学院抢抓机遇，主动作为，弘扬陈景润院士的科学精神，努力再创厦门大学数学学科新辉煌。