目前，南洋研究院下设东南亚政治经济研究所、国际关系研究所、华侨华人研究所、中外关系史研究中心、《南洋问题研究》和《南洋资料译丛》编辑部、图书馆、办公室。现有国际政治本科专业，世界经济、国际关系、专门史硕士点，政治学理论、世界经济、专门史博士点，拥有1个国家“211工程”建设子项目、1个国家“985工程”哲学社会科学创新基地、1个教育部人文社会科学重点研究基地、1个省级重点学科。2005年4月成立的马来西亚研究所，是与马来西亚首相阿都拉·巴达维提议建立的马来亚大学中国研究所相对应的研究机构。
南洋研究院现有在职人员36人,其中专任教学教师25人。现有在职人员中，具有硕士以上学位的26人，占72％；教师中具有博士学位的教师17人，占教师比重的68%；教授12人，其中博士生导师9人，副教授6人，副教授以上职务的教师占教师比重的72%；45岁以下青年教师15人，占教师比重的60%；教师中留学回国人员人数13人，占教师比重的52%。现任院长庄国土教授，副院长王勤教授、聂德宁教授、林梅副教授。
“十五”期间（2001－2005年），研究院教师作为第一负责人承担的各类科研项目45项，其中省部级以上项目36项，国际（境外）合作项目10项；共出版学术专著或译著（第一作者署名）28部，发表学术论文（第一作者署名）541篇，其中在CSSCI期刊发表的学术论文161篇；获得省部级以上社会科学优秀成果和优秀教学成果奖12项，为外交部、中联部、商务部、国侨办等提供了一系列决策咨询报告，并获得采纳。至2007年9月，在校本科生29人，研究生163人，其中硕士生106人、博士生57人，包括海外留学生10人。
近年来，研究院积极实施国际化战略，不断扩大对外学术交流。每年研究院接待数十批国际学者来访，其中包括国际上从事国际问题和东南亚研究的著名学者；每年均举办大型的国际学术会议，举办数十场国外学者讲座；每年教师和科研人员均在东南亚当地进行1个月以上的实地调研和研究工作，每年在国外发表的学术论文达10余篇。
研究院拥有先进的科研与教学设施，在东南亚资料信息收集方面居于国内领先地位。研究院拥有独立的图书馆，馆藏图书3.8万册，其中外文书籍9400册；现有报刊1160种，其中外文报刊880种。《南洋问题研究》（创刊于1974年）和《南洋资料译丛》（创刊于1957年）是研究院向国内外公开出版的学术刊物，《南洋问题研究》为中文社会科学引文（CSSCI）选用期刊。同时，研究院已建成东南亚教学实验室和多媒体教室，设立东南亚研究中英文学术网站和东南亚研究数据库。
50多年来，南洋研究院坚持以基础研究为主，注重应用研究，加强学科建设和队伍建设，提高研究生教育的水平，参与政府部门决策咨询，加快资料信息系统建设，逐步形成了多学科和综合性的东南亚研究与教学体系，成为国内的东南亚基础研究、人才培养、决策咨询和资料信息中心。