研究领域主要包括:基于生态系统的海岸带(流域)综合管理、海洋经济发展、海洋政策与法律、环境责任、海岸带和谐社会构建、战略环境影响评价、海洋监测和管理信息系统以及为政府决策服务的各种科技支撑。同时为国内外海洋资源开发与环境管理人才培训提供服务。
目前,海发院已有“海洋政策与法律中心”、 “流域-海洋综合管理研究中心”、 “海洋资源与环境经济研究中心”及“厦门海岸带可持续发展国际培训中心”等核心单位,聚集了海洋、环境、经济、社会、法律、管理等多学科的研究人员,同时聘请了国际知名学者为研究院的客座教授或学术委员。
通过开放与合作,海发院将被建成为高水平的海洋与海岸带可持续发展研究机构,成为服务于地方、国家及亚太地区海洋与海岸带可持续发展的科技支撑机构和国际人才培训基地。