学院下设三系六所：动物科技系、动物医学系、特种经济动物科学系；饲料科学研究所、动物预防医学研究所、奶业科学研究所、蚕蜂研究所、畜禽养殖与环境工程研究所、应用生物资源研究所。
学院现有生物饲料安全与污染防控国家工程实验室，浙江大学动物分子营养学教育部重点实验室、农业部华东动物营养与饲料重点实验室、农业部动物病毒学重点实验室、浙江省饲料与动物营养重点实验室和浙江省动物预防医学重点实验室，浙江省饲料产业科技创新服务平台，杭州蜂业科技创新服务平台等。特种经济动物饲养(含：蚕、蜂等)为国家级重点学科；动物营养与饲料科学为国家重点（培育）学科，农业部和浙江省重点学科；预防兽医学和动物遗传育种与繁殖学科为浙江省重点学科。“动物消化系统发育与功能研究”团队为教育部科技创新团队，“饲料研发与安全”、“重大动物传染病防治”团队为浙江省重点科技创新团队。
学科涵盖畜牧学、兽医学、水产学3个一级学科。现有“畜牧学”和“兽医学”博士后流动站，与生命科学学院共建“生物学”博士后流动站；有畜牧学一级学科（包括特种经济动物饲养、动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖3个二级学科），兽医学一级学科博士点；特种经济动物饲养、动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖、预防兽医学、基础兽医学、临床兽医学、食品科学、水产养殖学8个硕士点；动物科学（下设动物科学、蚕蜂科学、水产科学培养方向）、动物医学2个本科专业，其中动物科学专业为国家特色专业。
全院现有教职员工156人，其中院士1人，教授34人，副教授47人；教学科研人员100%具有博士学位。现有博士生导师34人，硕士生导师33人。入选国家“千人计划”1人，教育部“长江”特聘教授2人，浙江大学求是特聘教授2人，浙江大学求是讲座教授、思源讲座教授各1人，国家级有突出贡献中青年专家2人，国家杰出基金获得者5人，浙江省教学名师1人，教育部跨（新）世纪人才7人，入选农业部行业科学家岗位9人。形成了一支梯队结构合理、学术水平优良、研究方向齐全的师资队伍。
学院现承担各级各类科研课题290多项，国家自然科学基金44项，其中重点1项、杰青1项；973计划项目1项，863计划、973计划、国家科技支撑计划等来源的课题等15项，省部级各类项目70项，国际科技合作项目3项，重大横向科研项目12项； 2012年度实到科研经费5100余万元。2000年以来，学院获得国家、省部级科技成果奖励65项，其中“优质乳生产的奶牛营养调控与规范化饲养关键技术及应用”等3个项目先后获国家科技进步二等奖；发表学术论文3200余篇，其中SCI收录论文1220篇；出版专著、教材88部；获授权发明专利214项。
学院现有在读博士研究生147名、硕士研究生176名、本科生399名、攻读学位留学生9名。学院教育教学改革不断深化，“蚕学专业农工贸复合型人才培养模式研究”和“动物科学‘强基础、宽口径、重交叉’本科人才培养模式的研究与探索”两个项目先后获得国家级教学成果二等奖。动物科学专业列为国家特色专业，《动物营养学》为国家精品课程，《动物生理学》、《饲料学》为浙江省精品课程。2007年入选全国百篇优秀博士学位论文1篇，2008、2010、2012年获全国百篇优秀博士学位论文（提名）各1篇。学院加快教育国际化步伐，开展“本科生海外科研计划”的创新研究与实践，取得明显成效。
建国以来，学院为国家培养了6700余名专业人才，其中博士289名、硕士819名、本专科生5485名，外国留学生132名。
学院拥有总价值9600余万元的科研与教学仪器设备，能满足动物科学、动物医学、水产科学等领域的科研教学工作需要。拥有本科实验中心、多媒体报告厅、多媒体教室等现代化教学设施，以及实验牧场、实验蚕桑场、实验蜂场、动物医院等校内科教基地，并与企事业单位合作，设立了20多个校外实践基地。
学院十分重视对外学术交流和科技合作，已与美国、德国、日本、英国、法国、加拿大、韩国、澳大利亚、新西兰、泰国、芬兰、瑞典、挪威、印度、巴基斯坦等国30多所大学和科研机构建立了协作关系，并与联合国粮农组织（FAO）、国际原子能机构（IAEA）等国际机构有广泛联系。