中文系建立的第二年(1915),开始招收本科(4年制)和专科(2年制)学生,后来经历了国立东南大学(1920-1927年)、第四中山大学(1927-1928年)、江苏大学(1928年)、国立中央大学(1928-1949年)几个发展阶段。1949年8月更名为国立南京大学,翌年根据政务院决定,去“国立”而迳称“南京大学”,汇文书院则在1910年与宏育书院合并并改名金陵大学,同年设置中文系宏育书院是由1891年建立的基督书院与1894年建立的益智书院与1906年合并而成。1951年金陵大学与金陵女子文理学院合并为公立金陵大学。1952年全国院系调整时,南京大学的文、理学院与金陵大学的文、理学院合并,奠定了今日南京大学的基础,隶属国家教育部,后属国家高教部,今属国家教委。两校文学院的中文系合并为今日南京大学中文系。2007年,更名为南京大学文学院。
九十余年来一批国学大师和著名学者如李瑞清、黄侃、吴梅、方光焘、胡小石、汪辟疆、陈中凡、潘重规、杨晦、唐圭章、吕叔湘、罗根泽、陈白尘、陈瘦竹、程千帆等先后在本院任教,各层次历届毕业生近万人。