1994年环境科学成为江苏省重点学科,1996年列入南京大学“211工程”学科群建设计划,后列入南京大学“985工程”重点建设学科。2000年,环境科学与工程学科获一级学科博士学位授予权。2001年环境科学成为国家重点学科,同年环境工程成为江苏省重点学科。目前环境科学是国家重点学科,环境工程是国家重点学科培育点,环境科学与工程是江苏省一级重点学科。
环境学院现有教职工100人,其中教师77人,包括中国工程院院士1人,教授31人,副教授23人,博导26人。在校本科生360余名,硕士生320余名,博士生100余名和博士后研究人员10余名。2000年以来,主持国家、省部级研究课题数百余项,科研经费逾亿元。在国内外学术刊物上发表论文千余篇,其中SCI源刊物论文近500篇,在全国环境类单位中名列前茅。获国家、省部奖 50余项,研究成果具有国际和国内学术影响。
南京大学环境学院国际学术交流和合作日益活跃。2000年以来承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等数十项国际合作项目,举办国际学术会议多次。与十多所国际著名大学和研究机构建立了长期合作关系。