医学专业经过了将近半个世纪的变迁。但是同济大学仍然非常重视重新发展医学，于2000年恢复了医学院。近年来，医学院作为同济大学的重点建设和发展学科，取得了一系列令人瞩目的成就，而且还将在将来创造不凡的业绩。
目前，同济大学医学院设有基础医学院、预防医学院（筹）和五个附属医院：附属同济医院、附属第十人民医院、附属东方医院、附属肺科医院及附属第一妇婴保健院，主要开展临床医学专业的本科生（包括五年制、七年制和八年制）和研究生培养，授予学士、硕士和博士学位。医学院以培养全面、人道的医学生为目的，遵循“以人为本”的思想， 秉承精英化医学教育的理念，充分利用同济大学学科门类齐全，教学设施完备，理工文法实力雄厚的特点，利用长期对外合作办学的优势，通过开展“名师上讲台”、加强学生创新能力培养等方式，力求培养出融知识、能力、人格为一体的文、理、医相结合的人才。
医学院拥有世界卫生组织命名的“WHO围产保健合作中心”；拥有两个上海市重点学科（胸外科重点学科和护理学科重点学科）、三个上海市重点专科（心力衰竭诊治重点专科、口腔种植修复重点专科和创伤骨科重点专科）；中医心脑血管和视觉复明（与外院共建）两个上海市临床医学中心；拥有上海市产前诊断中心和上海市早产儿医疗护理中心；拥有上海市结核（肺）重点实验室。近年来，通过大力引进和培养人才、营造科研氛围，学科建设有了突破性的发展，在《SCIENCE》等国际学术刊物上发表了重要学术论文，获得了包括国家科技进步二等奖、教育部自然科学一等奖、上海市科技进步奖、上海市医学科技奖等在内的一批科研成果。
依据同济大学“知识、能力、人格”三位一体的培养目标，医学院把建立教学质量保障和持续改进体系、突出临床实践技能和人文服务精神的教学特色、注重大学生创新能力培养和国际化合作教育作为贯穿医学院教育思想观念的主线。
(1) 建立教学质量保障和持续改进体系：在同济大学“本科教学质量保证体系”的框架下，参考和汲取现代质量管理的内涵和技术，医学院逐渐建立了具有医学教育特点的质量保障和持续改进体系，并且在逐步细化相应的质量标准。医学教育质量保障和持续改进体系把质量管理的理念和技术用于教学工作的过程（环节）管理、目标管理；用于师资队伍建设、青年教师培养，教学管理制度和岗位职责、课程体系建设和课程质量优化、教学质量督导和监控等方面。
(2) 突出临床实践技能和人文服务精神的教学特色：医学教育的关键是培养能够服务于社会、掌握临床实践技能、能够体恤患者病痛、具有人文服务技能的有用人才。医学院在教育思想观念上统一认识，明确了临床实践技能和人文服务精神的教学特色，制订了严格的临床见习与实习的管理制度，定期组织见习和实习带教教师的培训，建立了以临床操作技能为内容的“医学院临床模拟教学中心”；建立了以客观化多站式考试（OSCE）和标准化病例（SP）为特点的临床实践技能考核体系；增加了医学人文教育实践和对现代精神卫生问题识别和处理能力的培训，增加了医患沟通技巧培训。
(3) 注重大学生创新能力培养：医学院具有良好的大学生创新能力培养基础。医学院已经接连举办了12届旨在鼓励学生动手参与各种科研活动的“大学生学术节”；举办了以指导学生发现并解决临床问题为目的的“青稞节”。这两项活动为提高大学生的科研能力和培养创新精神提供了平台，也取得了一定的成果，每次活动学生们都发表了众多论文。医学院还设立了“大学生创新能力培养基金”，从组织管理、经费支持、课程设置等方面全面推进学生创新实践工作；在长学制学生中设立了导师制，为大学生参加基础科学研究和临床科学研究提供了途径。
(4) 开展国际化合作教育：同济大学作为国家对外开展科技和文化交流的重要窗口，一直致力于通过国际交流合作来提升学科综合实力，并取得了良好效果，尤其是对德国、法国合作在社会和学术各界具有广泛的影响。医学院提高教学和人才培养水平的重要举措就是要依托同济大学的对外合作优势，开拓国际化人才培养途经，分别与德国和法国有关大学建立了交换学生项目，互派大学生进行临床阶段的培训，通过有效的组织管理，使国际合作教育成为医学人才培养的特色之一，也成为医学院教育思想观念中重要的内涵。