50-70年代，铁路工程专业调整到上海铁道学院，道路工程专业则留在同济大学继续发展，并于80年代在全国率先开设交通工程专业，道路交通学科发展成为同济大学在国内具有重要地位，得到国际认同的优势学科。
2000年，随着上海铁道大学与同济大学的合并，集中两校道路与机场工程、城市轨道与铁道工程、交通工程与交通运输管理，交通信息工程等方面的师资力量，组建了同济大学交通运输工程学院，形成并加强了陆上交通运输领域内教学与科研的综合优势。
学院规模 学院现设有道路与机场工程系、城市轨道与铁道工程系、交通工程系，运输管理工程系，交通信息工程系，道路与交通工程研究所、智能交通运输系统研究中心、交通信息通讯联合实验中心等单位，并拥有全国道路与交通领域唯一国家级实验室-教育部道路与交通工程重点实验室。
2007年道路安全与环境工程研究中心被列入为教育部工程中心建设计划。 学院现有教职员工165人，其中教授及高级技术职称34名，副教授及副高级技术职称44名，博士研究生导师31名，外聘博士生导师9人。学院现有在校本科生870多人，硕士研究生490多人，博士研究生170多人。
2010年招收的本科生210多人，硕士研究生129人，工程硕士(全日制）48人,工程硕士(非全日制)118人,博士研究生55人。 学科特色 交通运输工程学院是首批获得交通运输一级学科博士点的院校，拥有道路与铁道工程、交通运输规划与管理、交通信息工程与控制、载运工具运用工程四个二级学科的博士点与硕士点，以及道路与铁道工程和交通运输规划与管理博士后流动站。
交通运输工程学科为同济大学的优势学科和优先发展学科，先后被确定为上海市重点学科、国家重点学科和'211工程'重点建设学科。道路与铁道工程和交通信息工程与控制学科获得了"长江学者特娉教授岗位"。
2001年道路与铁道工程、交通运输规划与管理被评为国家级重点学科。
2005年被列为国家"985"平台重点建设学科。
2007年经国家重点学科验收合格后，交通运输工程一级学科被列为国家级重点学科。