复旦大学上海医学院成立以来大胆探索体制改革。在行政管理架构上设有党委办公室、院长办公室、教学办公室、科研办公室和本科生、研究生工作组，负责管理和协调学院各方面工作。为创办综合性大学的一流医学院，促进基础医学和临床医学融合，加快医学学科建设，由医学院的领导和各附属医院的院长组成上海医学院院务委员会，是学院的咨询决策机构。
在教学管理架构上设有27个系，有解剖与组织胚胎学系、病原生物学系、免疫学系、细胞与遗传医学系、生物化学与分子生物学系、生理与病理生理学系、药理学系、病理学系、神经生物学系、法医学系、内科学系、外科学系、妇产科学系、儿科学系、神经病学系、精神卫生学系、皮肤病与性病学系、影像医学系、眼科学系、耳鼻喉科学系、肿瘤学系、康复与运动医学系、麻醉学系、口腔医学系、临床诊断学系、全科医学系和中西医结合系。学院现有国家重点学科20个；“211工程”建设重点学科8个；国家重点实验室1个；教育部、卫生部重点实验室8个；上海市重点学科2个；上海市临床医学中心8个。有博士后流动站4个，博士点29个，硕士点36个。
复旦大学上海医学院不仅拥有一批在国内外享有盛誉、学术造诣深、医术精湛的老一辈专家教授，还有一批近年来迅速成长起来的中青年学术骨干和学科带头人。
医学专业领域曾有国家一级教授14名：张昌绍（药理学）、徐丰彦（生理学）、谷镜汧（病理学）、黄家驷（外科学）、林兆耆（内科学）、沈克非（外科学）、荣独山（放射学）、王淑贞（妇产科学）、陈翠贞（儿科学）、郭秉宽（眼科学）、胡懋廉（耳鼻喉科学）、钱惪（内科学）、杨国亮（皮肤病学）、吴绍青（肺科学）。
现有中国科学院院士2名：陈中伟（显微外科）、沈自尹（中西医结合）；中国工程院院士4名：顾玉东（手外科）、汤钊猷（肿瘤外科）、陈灏珠（心内科）、闻玉梅（病原生物学）。教育部长江计划特聘教授7名。全院有正高级职务教师293名、副高级职务教师767名；其中含博士生导师171名，硕士生导师258名。为了保持一支稳定的、热爱教育工作的临床医学师资队伍，2003年学院对各附属医院的教师实施临床授课教授岗位聘任，总共聘任了授课教授187名，授课副教授172名，授课助理教授146名。
复旦大学上海医学院拥有良好的公共服务设施和办学条件，现有教学、科研大楼11幢，包括一座正在建造的医学科技楼（占地面积15112.9㎡），一座新建的有27个多媒体教室的教学楼（8127㎡）和一座拥有藏书量为36万册的医科图书馆（9513㎡），有近20000㎡设施齐全、标准化的学生活动体育场所。学院拥有一批先进的教学、科研设备，为基础医学教育提供了保障。
附属医院是医学院培养和造就高级医学人才的主要基地，中山医院、华山医院、妇产科医院、儿科医院、眼耳鼻喉科医院、肿瘤医院、金山医院、上海市第五人民医院（筹）等八所附属医院共有核定床位数5357张，还有一批具有世界先进水平的医疗设备。近年来，学院还建立了功能学科、形态学科、分子生物学为群体的教学实验室和临床技能学习中心。这类二级管理的教学实验室，不仅统筹了教学资源，而且有利于实验教学的改革，有利于学生实践能力、创新能力的培养。
复旦大学上海医学院是复旦大学规模最大、招生数最多的学院之一，设有3个专业：临床医学、基础医学和法医学。招收七年制、五年制本科生以及硕士、博士研究生。在校学生人数3000余名，其中本科生2000余名，研究生1000余名。学院充分利用学校学科门类齐全、文理科相互渗透、多学科交叉以及雄厚的医学基础和临床教学的优势进行自然科学、人文社会科学和医学专业教育。
复旦大学上海医学院在基础医学研究方面，分子病毒学、分子医学、医学神经生物学等学科保持国内领先、国际知名。闻玉梅院士研制的乙肝治疗性疫苗，宋后燕教授研制的溶栓药物r-sk等不仅有很高的学术水平，并且在科技成果转化方面取得成效；医学神经生物学国家重点实验室马兰教授领衔研究的“蛋白激酶在阿片类物质介导的信号转导和耐受依赖中的作用”项目于2002年获得国家自然科学二等奖。2000－2003年期间，在基础医学研究方面还获得国家科技进步二等奖1项、国家高校技术发明一等奖1项、省部委级科技奖18项。在临床医学研究方面，肝癌临床、手外科研究、耳颅底显微外科、角膜保存、神经病诊疗等居世界先进水平；脑外科、乳腺癌、生殖内分泌、心血管疾病、泌尿疾病、介入放射、皮肤科、中西医结合、传染病、器官移植（肾、心、肝、胰岛等）等居国内领先水平。
为保持学科的持续发展以及在国内的领先地位，并跻身于国际先进行列，近年来我院已与美国哈佛大学医学院、美国弗吉尼亚Commonwealth大学、美国哥伦比亚大学医学院、澳大利亚悉尼大学医学院、瑞典Umea大学医学院、加拿大大不列颠哥伦比亚大学、日本大坂大学、香港大学医学院、香港中文大学医学院等建立了院际关系，双方进行科研项目合作，学者相互访问交流，选派青年教师进修学习,开展在读医学生的互换实习等活动。
临床医学专业是培养具有科学基础宽厚，专业技能扎实，创新能力强，发展潜力大，具有较强的临床诊断和处理病例的能力；掌握对群体的健康和疾病起重要作用的各种因素的知识，具有良好的沟通技巧和信息管理能力；掌握现代医学科学研究的基本方法，具有一定从事科研和教学能力的高层次医学人才。临床医学专业创办历史悠久，设立于上海医学院建校初，七十多年培养了一大批中国医疗卫生事业的骨干，为人民的健康作出了贡献。基础医学专业是执行国家教育部关于建立“国家理科基础科学研究与教学人才培养基地”目标而开设的，培养具有宽厚的科学基础，富有创新思维，具备基础医学教学、科学研究实践能力的高级医学人才。在完成本科学业的基础上优秀生可直升硕士或硕－博连读研究生。
复旦大学上海医学院基础医学理科基地设立于“九五”期间，在国家基础科学人才培养基金实施工作中做出显著成绩，2002年2月被评为国家基础科学人才培养优秀基地。法医学专业是培养具有扎实的医学基础理论和法医学专业知识，熟悉司法鉴定程序，掌握法医鉴定基本技能的法医学高级专门人才。
法医学专业创建于1984年，至今已为我国公安局，检察院，法院等司法部门培养了一批从事法医学鉴定的骨干，为我国法医学的发展起到了推进作用。