研究所的科研运行机制是研究组长负责制，现有肿瘤流行病学研究室和癌基因与相关基因国家重点实验室，以及肿瘤功能基因研究组、肿瘤转移研究组、肿瘤表观遗传学研究组、肿瘤分子病理研究组、肿瘤生物治疗研究组、干细胞微环境研究组、肿瘤免疫调节研究组、肿瘤分子诊断研究组、肿瘤干细胞研究组、肿瘤靶向治疗研究组、肿瘤基因组不稳定性研究组和实验病理研究组等十三个课题组。全所现有工作人员119人，其中科技人员106人，有中国工程院院士3人，具高级职称者23人。
研究所的方向和任务主要是恶性肿瘤的流行病学与病因学研究，肿瘤发病机理的探索以及发展基因诊断和基因治疗、细胞及免疫学诊断和治疗等生物高科技基础及应用研究，探索肿瘤防治的新途径。癌基因与相关基因国家重点实验室的主攻方向是研究与确定与癌发生发 展相关的癌基因、抑癌基因及其它调控细胞生长的基因群，（顾健人、杨胜利、王红阳三位院士商讨工作） 同时利用系统生物学理论来研究在癌发生发展的分子机理及诊断、防治癌的新途径。各研究室拥有一批先进的科学仪器设备，具有较好的研究实验条件。先后与一些市级综合性医疗单位、中国科学院生化、细胞研究所、复旦大学、交通大学、肝癌高发现场（启东、扶绥）等建立了科研合作关系。
“八五”以来，我所先后承担的国家项目有：“八六三”高新技术、国家重点基础研究973）项目、国家攻关项目、国家自然科学基金重大项目等。此外，我所还与国内外著名的大学、研究所联合申请课题，进行了多项国际合作研究。例如，与美国国立卫生院（NIH）/国立癌症研究所（NCI）合作，在上海市区开展大规模全人群流行病学调查。全所先后共发表1000余篇学术论文，取得重要成果68项，授权国家专利70项、国际专利4项。培养了博士后、博士、硕士等大批科研人才。
研究所与国内外交往非常密切，历年来已与20多个国家和地区的科技人员进行了学术交流，还聘请了多位国外著名专家任研究室顾问。所内研究人员也经常应邀前往世界许多国家和地区参加国际性学术会议、考察访问和合作研究等。
（党总支书记、所长王维林）
研究所自1979年起开始招收生物化学及免疫学专业硕士研究生，学位由第二医科大学授予；1983年-1987年又挂靠在上海医科大学公共卫生学院招收和培养流行病学与卫生统计学专业硕士研究生；自1992年起研究所开始挂靠在复旦大学研究生院招收博士、硕士研究生； 2004年起研究所同时在上海交通大学医学院研究生院招生培养肿瘤学专业博士和硕士研究生。至今已培养和毕业了170名研究生。目前共有研究生导师11名（博士生导师7名、硕士生导师4名），招生专业为病原生物学、流行病学与卫生统计学和肿瘤学。