音乐教育系的办学宗旨是：培养新型的国民音乐教育改革专业人才，以满足中国新世纪国民艺术素质教育高等音乐教育人才的要求。
中央音乐学院音教系在全国率先引进目前世界上影响最大流行最广的三大先进音乐教育体系，探索融国际先进音乐教育理念与方法的中国特色音乐教育之路，以此为目标确定了高等音乐院校音乐教育专业课程设置新原则，在组织教学中全面改革传统的高等音乐院校教育理念、教学大纲和课程设置，系统引进国际先进音乐教学体系并将之与中国本土音乐文化相结合，成功培养出中国高等音乐学院第一代立足于本土音乐文化、能运用国际先进音乐教育体系教学的高校音乐教师；开设了多门国内空缺的当代中国音乐教育改革新课程并编写了新教材，填补了我国音乐教育专业必修课程的空白；在教学实践中形成了独树一帜、颇有影响的办学风格。
音乐教育系本科学制五年，开设的专业必修课包括：基于科达伊体系的歌唱教程——包括视唱练耳、发声训练、重唱、合唱构建等；基于奥尔夫和达尔克罗兹体系的音乐与动作；音乐教学理论与实践——三位一体的教材研读-教学法-教学实习（强调实用性，实践性，采用直接与教学实验点挂钩的开放性直观教学方式）；作曲技术基础理论与实践（综合和声、复调、曲式、配器等为一体，与键盘和声、小型乐队编创、教学实习等课程相结合）、中西方音乐教育发展史、音乐教育学、教育学原理、教育心理学等。共同必修课包括：中国音乐史、西方音乐史、中国民族音乐概论、外国民族音乐、钢琴等。新开设的诸课程，采用国际先进的科学音乐教学法，在教学实践中进行筛选和检验，以此逐步创建音乐教育专业的标准教材。
音乐教育系自建系初始即与匈牙利李斯特音乐学院科达伊音乐教育研究院及科达伊国际协会、奥尔夫基金会、奥地利莫扎特音乐大学奥尔夫学院、德国汉诺威音乐戏剧学院、德国汉诺威音乐教育研究所建立长期合作关系，每年聘请多位知名外国专家来系授课，同时输送多名年轻教师和学生出国学习。2006年又引进达尔克罗兹体系，与瑞士达尔克罗兹协会建立长期合作关系。
音乐教育系曾成功举办了“奥尔夫周·北京2002”——暨“倾听全世界的声音”国际研讨会、“科达伊周·北京2005”暨音乐教育国际学术研讨会——“让音乐属于每个人”、“庆祝中央音乐学院音乐教育系成立十周年·1999-2009”——暨“让音乐属于每一个中国人”音乐教育国际研讨会等大型学术交流活动。
音乐教育系还拥有一支由学生和青年教师组成的、用先进教学理念与方法训练的合唱团。该合唱团曾与郑小瑛、陈亮声、汤沐海、余隆、俞峰、陈燮阳、皮特·埃尔戴伊、托马斯·克莱默、凯特琳·凯丝等多位著名指挥合作演出，在国内音乐界享有一定的声誉。
全系现有教师11人。其中教授1人，博士生导师1人；副教授1人，硕士生导师2人。在读本科生114人，硕士研究生20人，博士生2人。现任系主任为高建进教授。全系下设“音乐教学理论和实践”和“作曲技术理论和实践”两个教研室，以及面向全国大中小学音乐教师在职培训的“教师培训办公室”。音乐教育系从2010年起，在中央音乐学院附中、北京舞蹈学院附中和厦门鼓浪屿钢琴学校附小招收了首届音乐教育专业学生。
2009年音乐教育系获北京市“高等音乐学院音乐教育体系综合改革实验”教育教学成果奖（高等教育）一等奖；同年，此项目又获得第六届高等教育国家级教学成果奖二等奖；被定为北京市高等教育教学示范中心。2010年音乐教育系初创的新音乐教育体系开始逐步向校外推广。