50多年来，在历任系主任黄飞立、郑小瑛、徐新、俞峰等教授的领导下，指挥系在历史发展中吸收前苏联、欧美等国的先进经验，逐步形成学术学风严谨、师生团结开放、教学代代传承并不断发展、具有鲜明中国特色的先进教学体系。
中央音乐学院指挥系师资力量雄厚，历来兼容并蓄，不拘一格，几乎囊括了每个时期中国最优秀的指挥家在系任教。大部分教师曾留学欧美，并于国内外比赛中获得大奖。每年均有各国著名教授不断来访。指挥系人才辈出，被誉为中央音乐学院成材率最高的系。改革开放以来，指挥系培养了众多国内外耀眼的指挥家， 10人15次分别获国际比赛大奖；4人分别荣获国内至今仅有的两届全国指挥比赛的金奖和银奖。其中大多已经担任国内外交响乐团及歌剧院的艺术总监。半个世纪以来，指挥系继承发展、开拓进取，开创出指挥教学国内领先、世界先进的新局面。
指挥系的教育目标是培养集体音乐表演艺术（歌剧、交响乐、合唱）等领域的指挥家、组织者及领导者。指挥作为音乐领域中高精尖的人材，其指挥教学采取三名教师对一名学生的单独授课方式。围绕其指挥专业设置课程有总谱读法、高级视唱练耳、双钢琴交响乐演奏、合唱、乐队训练学、和声、复调、作品分析、配器、现代作品分析等主要专业课程。
指挥系下设两个教研室——指挥教研室开设交响乐、歌剧、合唱、民族乐队、总谱读法等专业；钢琴教研室开设双钢琴交响乐演奏专业及课程，并承担交响乐钢琴伴奏教学任务。在指挥人才培养层次上，指挥系拥有独特的四个层次：附中指挥班；大学本科；硕士研究生以及指挥家证书教育。
在现任系主任俞峰教授的领导下，指挥系与时俱进，在继承优秀传统基础上创立了“现代指挥教学法”，其教学成果显著：五名学生荣获重大国际比赛两个金奖、一个银奖以及国内比赛第一、二、三名；并多次应邀到美国、澳大利亚、日本讲授现代指挥教学法；青年教师被聘到美国著名音乐学院执教；指挥系还吸引了欧美发达国家的指挥研究生、博士生前来学习，重写了只有中国学生去国外学习指挥的历史。被媒体称为：“揭开了西方人到中国学习贝多芬的序幕”。在全体师生的努力下指挥系曾荣获北京市先进集体荣誉称号，其“现代指挥教学法”于2004年获得国家教育科技成果二等奖。
在徐新教授的倡导和推动下，指挥系作为全国的指挥学术中心，于2004年创立了“中国指挥学会”，创办了学术刊物《指挥家》、建立了中国指挥网、开办了指挥家学术沙龙、学术讲座系列；进一步确立了指挥系作为中国指挥界的核心地位。