随着环境科学研究所的不断发展和壮大，环境学院于2003年正式成立。北京师范大学环境学院目前下属“八所”，即水环境化学研究所、水生态研究所、水气环境模拟研究所、生态模拟与城市生态研究所、土壤环境研究所、环境管理研究所、水质控制工程研究所、 水资源与河流研究所 ；“二中心”即湿地与生态工程研究中心和环境影响评价中心；“二系”，即环境系统工程系和环境科学、政策与管理系。同时，还拥有水环境模拟国家重点实验室和教育部水沙科学重点实验室，以及环境科学与工程博士后流动站。
目前，环境学院拥有博士学位授予点4个：环境科学，环境工程，环境生态学，人口、资源与环境经济学；拥有硕士学位授予点6个：环境科学，环境工程，环境生态学，人口、资源与环境经济学，水文学及水资源，水力学及河流动力学；拥有工程硕士专业学位授予点1个：环境工程；拥有本科专业2个：环境科学，环境工程。环境学院现有在校本科生149人，硕士研究生169人，博士研究生101人。
环境学院目前在职教授17人，岗位教授5人，副教授21人，岗位副教授10人，讲师8人，实验教辅等10人。教师队伍中有中国工程院院士1人，长江学者特聘教授1人，教育部创新团队1支，国家杰出青年科学基金获得者1人，新世纪百千万人才国家级人选1人，973项目首席科学家1人，教育部跨（新）世纪人才7人，博士生导师36人。
近5年已承担和完成国家级、省部级科研项目200余项，其中973项目1项，国家杰出青年科学基金项目1项，973课题14项，863课题6项，国家科技支撑项目2项，国家自然科学基金重点项目5项，国家自然科学基金面上项目62项，环保公益项目1项，国际合作项目10项，国家科技攻关及其他横向项目150余项，到位科研经费总计逾亿元；获得国家和省部级科研奖励10余项，发表论文800余篇，其中231篇SCI论文，211篇EI论文。出版专著、教材24部。为国家重大需求提供了重要技术支撑，为基础科学研究的提升作出了重要贡献。
环境学院具有开展多学科交叉及跨学科综合研究的特点和优势，经过二十多年的发展，环境学院以环境科学、环境工程、环境经济学与生态学领域的综合性基础研究与应用性基础研究为对象，集科研、教学和人才培养于一体，培养环境科学与环境保护领域急需的科研技术与管理人才，并探索与开发研究国家急需的、以中国水与生态问题和区域环境为重点的可持续发展战略与污染防治的理论和方法。目前在学科上已形成了以自然科学与社会科学、宏观研究与微观研究、环境预测与污染控制相结合的环境科学与工程学科发展体系，其中，环境科学为国家重点学科，环境工程为北京市重点学科，环境科学与工程为国家授权一级学科。主要研究方向包括：环境评价、规划与管理；流域水环境过程；土壤污染诊断与修复；湿地生态系统模拟；水污染治理工程；水生态修复技术；环境经济分析与生态价值评估；城市生态规划与管理；废物处置与资源化技术；环境教育与可持续发展教育等。软硬件设备齐全，具备开展科学研究和人才培养的良好条件，在国内同行中处于一流水平，并在此领域里做出了贡献。