北京生命科学研究所一切工作以推动一流科学研究为目的。中心工作是使科研人员能进行原创性的研究，推进人类对生命本质的理解，同时也鼓励研究人员探索对中国和世界有应用价值的研究。
为了实现这个目的，研究所将：实行高效率的管理，以科研人员为主导，行政后勤人员为辅助；提供优良的物质条件，使研究人员能全力注重科学研究；建立有智力刺激而又心情宽松的氛围，开发研究人员创造性思维和促进重要意义的研究。北京生命科学研究所要求从学生到教授等所有人员在科学研究和讨论中互相尊重、互相激励，鼓励和国内外大学及其它研究机构进行积极的科学交流和互利合作，欢迎国内外生命科学研究人员访问、交流。研究所定期举办Journal Club、Progress Report和Seminar等多种形式的学术交流活动，营造健康活跃的学术环境。主要研究人员同时兼职于北京高校和科研机构。
研究所乐于为中国其他机构提供力所能及的教学和科研咨询。崭新的北京生命科学研究所位于风景宜人的北京市郊北京中关村生命科学园。由科技部、发展改革委员会、教育部、卫生部、中国科学院、国家自然科学基金委、北京市政府、中国医学科学院等8个部委为主体组成理事会，共同管理北京生命科学研究所的筹建和运行工作。 2009年，美国德克萨斯大学西南医学中心的生物化学和细胞生物学家、美国科学院院士、2006年邵逸夫生命科学与医学奖获得者王晓东博士被理事会续聘为北京生命科学研究所所长。
北京生命科学研究所目前有23个实验室和9个科研辅助中心。23个实验室分别是王晓东实验室、饶毅实验室、邵峰实验室、叶克穷实验室、高绍荣实验室、罗敏敏实验室、袭荣文实验室、王晓晨实验室、戚益军实验室、李夏璐实验室、朱冰实验室、杜立林实验室、黄牛实验室、李文辉实验室、董梦秋实验室、雷晓光实验室、何新建实验室、陈良实验室、张二荃实验室、何万中实验室、张志远实验室、魏丽萍实验室和王涛实验室。
9个科研辅助中心分别是：基因组学中心、生物信息中心、影像中心、转基因动物中心、蛋白质中心、抗体中心、、计算机中心、化学合成中心和动植物中心。