自国家评选政府特殊津贴以来，我所共有56人获此殊荣。现有国家级有突出贡献的专家2名，部级（卫生部）有突出贡献的专家7名，获得首批新世纪百千万人才工程国家级人选5名，国家青年基金获得者3名，"长江特聘教授"3名，"院校特聘教授"3名。
截止目前从国内外引进人才30余名。药物所始终以寻找和研究防治严重危害人民健康的常见病、多发病及疑难疾病的药物为主要方向，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学现代理论和高新技术开展多学科综合性研究。主要研究方向包括抗肿瘤药物、防治心脑血管疾病药物、治疗神经精神类疾病的药物、抗炎免疫类药物、抗肝炎药物、抗病毒药物、抗糖尿病药物以及治疗老年退行性疾病的药物等领域。
药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、新药开发等研究科室，具有很强的药物研发能力。 特别是在天然产物研究、计算机辅助药物分子设计、组合化学、分子药理学、高通量筛选等领域有明显特色。
此外，药物所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心、科技部药效学平台、院校新药安全评价研究中心、卫生部天然药物生物合成重点实验室、教育部中草药物质基础与资源利用重点实验室。
药物所始终坚持走产学研相结合的发展道路，现有2个全资企业：北京协和药厂、北京协和制药二厂；3个控股企业：北京联馨药业有限公司、北京协和建昊医药技术开发有限责任公司、北京科莱博医药开发有限责任公司。建所五十年多来，共获科研成果奖237项，已研制上市新药百余种, 获新药证书126项，其中以人工麝香、丁苯酞、双环醇等为代表的一类创新药物17项。
自1986年国家设立基金制以来，共承担各类科研课题880项，发表论文5529篇，编写著作298本，已在国内外申请专利484项。药物所也是我国高级药学人才的培养基地，其中药学学科为国家教育部批准的全国高校医学重点学科点，并且建立了博士后流动站。药物所拥有一支高素质的教师队伍，承担了北京协和医学院的研究生教学任务。
目前在所研究生300余人，至2009年已培养毕业博士生428名、硕士生476名。近年来在面向市场经济，加快科研成果转化，提高产业效益的过程中，药物所所属药厂产值逐年增加。主要产品有：百赛诺、芳活素、紫素、非洛地平片、联苯双酯滴丸、灵孢多糖注射液等，其中一些药物远销国际市场。药物所与国内及日本、美国、德国、法国等30多个国家和地区的制药公司、大学、科研机构进行了广泛的科技合作和学术交流，建立了密切的协作关系。
药物所还负责编辑出版《药学学报》、《中国化学快报》及《亚洲天然产物研究》三种学术期刊。药物所人将继续以"献身、创新、求实、协作"的精神为指引，勤奋钻研、刻苦攻关、与时俱进、继往开来，努力为我国医药卫生事业的可持续发展，为创造社会效益和实现人类健康贡献力量。