北京大学教育学院目前设有教育与人类发展系、教育经济与管理系、教育技术系三个系，高等教育科学研究所、教育经济研究所（教育部人文社会科学重点研究基地）两个研究所，基础教育与教师教育中心、中国教育与人力资源研究中心、教育领导与政策研究中心、数字化学习发展研究中心、企业与教育研究中心五个研究中心。学院承办全国中文核心期刊、CSSCI期刊《北京大学教育评论》（季刊），并且是中国蔡元培研究会秘书处所在单位。