北京大学化学与分子工程学院是在原北京大学化学系的基础上发展起来的。1995年化学系更名为化学与分子工程学院（以下简称化学学院）。2001年原技术物理系应用化学专业并入化学学院。目前，化学学院设有5个系：化学系、材料化学系、高分子科学与工程系、应用化学系和化学生物学系；5个研究所：无机化学研究所、有机化学研究所、分析化学研究所、物理化学研究所、理论与计算化学研究所；拥有2个国家重点实验室和1个教育部重点实验室：稀土材料化学与应用国家重点实验室、分子动态与稳态结构国家重点实验室、生物有机与分子工程教育部重点实验室。